直肠炎轻者仅粘膜发炎，重者炎症累及粘膜下层、肌层，甚至直肠周围组织；有时只是一部分直肠粘膜受累，有时直肠粘膜全部发炎，也可累及结肠部分粘膜都有炎症。直肠炎常见于体质虚弱抵抗力低下，心、肺、肝、胃肠道疾病、呼吸道感染、传染病后，大便秘结、腹泻、痔，肛管直肠脱垂，肛瘘、息肉病、肛门直肠狭窄、直肠肿瘤、直肠损伤、异物等，都可使直肠发炎，严重的需立刻到医院进行手术治疗。另外一些因素如饮食不慎如过度饮酒、过食刺激性强的食物等，不适当的长期服用泻药，肛门内腐蚀性药物过多，细菌感染均可引起直肠炎。
慢性结、直肠炎病因不是很明确、中医多认为与七情郁结、饮食不节、痢久失治、外感六淫、湿热内蕴所致脾胃失调、脾肾双亏等病因有关；西医则认为此病与环境因素、免疫因素、精神心理因素、遗传等因素相关。